La carrera política de Pompeyo Magno empezó tras la primera guerra civil que vivió la sociedad romana. Siguiendo la tradición familiar, Pompeyo consiguió sus primeros éxitos militares luchando en el lado de los optimates, que gobernaban desde su victoria en la guerra. Tras estas primeras campañas, fue nombrado cónsul en su vuelta a Roma y emprendió nuevas campañas que aumentarían todavía más su buena fama: acabó con la piratería en el Mediterráneo, algo que favorecía el comercio marítimo, y detuvo el expansionismo de dos poderosos reyes hostiles a Roma en Oriente, Mirtídates VI del Ponto y Tigranes II de la Gran Armenia.
De forma paralela, César empezaba sus andanzas políticas en el Senado, y tras perder apoyos, Pompeyo se vio obligado a forjar una alianza secreta —el primer triunvirato (60 a.C.)— con César y Craso, ambos del partido opuesto, para lograr objetivos comunes. César se marchó a las Galias para consolidar su carrera política mediante éxitos militares, pero cuando pretendía regresar tenía el Senado en su contra. De este modo, se vio obligado a desafiarlo, cruzó el Rubicón en el año 49 a.C. y dio inicio a la segunda guerra civil romana en la que Pompeyo participó como comandante del ejército de la República.
En el invierno de 49 a.C., Julio César consiguió llevar una parte de sus tropas a los Balcanes desde Bríndisi, burlando la vigilancia que Pompeyo, instalado en Dirraquio, había establecido en el Adriático. El resto de sus efectivos no pudo cruzar hasta la primavera del año siguiente; mientras tanto, pompeyanos y cesarianos invernaron en torno a Dirraquio. Con la llegada de los refuerzos, ambos ejércitos iniciaron una guerra de desgaste en la que las tropas de César, mal abastecidas, llevaron la peor parte. Cuando Pompeyo ordenó el ataque definitivo, César y su ejército se refugiaron en la cercana Apolonia.
Entonces Pompeyo decidió reagrupar a sus tropas en Tesalia (Grecia) y César le siguió hasta Farsalia, donde el 9 de agosto tuvo lugar el enfrentamiento definitivo. Pompeyo no deseaba la batalla, pero se vio forzado a ella por el espíritu belicoso de sus soldados y por las conspiraciones de sus generales. Aunque sus 30.000 hombres doblaban los efectivos de César, éste desarrolló una mejor estrategia y, según contó él mismo, sólo perdió 230 hombres frente a 15.000 pompeyanos muertos y 24.000 cautivos. Fuentes más imparciales estimaron las bajas de César en 1.200, y las de su rival, en 6.000.
